Blast 3e4924

2. ¿Qué es un blast? Herramienta básica de búsqueda de alineación local

BLAST es el acrónimo de Basic Local Alignment Search Tool. Fué desarrollado por Altschul en 1990, la principal característica del BLAST es su velocidad, pudiendo tomar pocos minutos cualquier búsqueda en la totalidad de la base de datos. Los resultados se presentan en pantalla inmediatamente después de calculados. El BLAST puede hacer búsquedas en una base de datos no redundante (nr) la cual tiene los registros no redundantes entre las dos bases de datos principales a nivel mundial: GenBank en USA y EMBL (European Molecular Biology Laboratories) en Europa.

El BLAST tiene cinco módulos de búsqueda que amplian las posibilidades:   

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BLASTP Compara una secuencia problema de aminoácidos contra una base de datos de secuencias de proteínas. BLASTN Compara una secuencia problema de nucleótidos contra una base de datos de secuencias de nucleótidos. BLASTX Compara una secuencia problema de nucleótidos traducida en sus seis posibles marcos de lectura contra una base de secuencias de proteínas. TBLASTN Compara una secuencia problema de aminoácidos contra toda la base de datos de nucleótidos traducida en sus seis posibles marcos de lectura. TBLASTX compara las seis traducciones en sus marcos de lectura de la secuencia problema de nucleótidos, contra las seis traducciones en sus marcos de lectura de toda la base de datos de nucleótidos.

Las bases de datos de secuencias biológicas se encuentran instaladas en distintos centros del mundo, de cierta manera compiten, por lo cual no se debe esperar que sus interfaces de comunicación sean iguales, ni siquiera parecidas. Además, las páginas Web de estos servidores suelen ser modificadas frecuentemente, por lo cual es necesario habituarse a la estructura general de estos servicios.

El papel de las bases de datos es el de proveer libre a las secuencias de ácidos nucléicos y de proteínas que han sido publicadas por la comunidad científica, con la información respecto al autor, fuente bibliográfica, organismo y demás características importantes. La recuperación más útil es la que emplea palabras claves, en donde se cumple con un criterio de búsqueda, lo que indica la intensidad con la cual se están publicando secuencias del organismo de estudio que nos interesa. Con este tipo de criterio podemos realizar una búsqueda de similaridad la cual consiste en efectuar una comparación de una secuencia problema con la totalidad de secuencias existentes en una base de datos. Estas búsquedas se realizan con distintos programas que aplican algoritmos de comparación y generan un listado de organismos cuyas secuencias resultan similares a la de estudio.

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la secuencia problema el programa a ejecutar, según sea el caso de las secuencias a comparar, entre blastp, blastn, blastx, tblastn, tblastx. La base de datos contra la cual se desea hacer la comparación. El formato en que se desean ver los resultados cuando estos esten listos.

REFERENCIAS http://bioinf.ibun.unal.edu.co/documentos/Blast/blast.php#significado https://www.ibm.com//knowledgecenter/es/SSEPGG_8.2.0/com.ib m.db2.ii.doc/opt/c0007271.htm